موسسه دانشمند در طراحی نقشه راه اجرای طرح‌های کلان ملی در زنجیره فعالیت بنیاد با همکاری هلدینگ‌ها و شرکت‌های خانواده بنیاد، فعالانه مشارکت می‌نماید. شاخص هایی از قبیل حجم ارزبری، میزان استراتژیک بودن، تحریم و رسوخ فناوری از شاخص‌های تعیین‌کننده و مؤثر در تعریف و انتخاب طرح‌های کلان ملی موسسه می‌باشد. در اجرای طرح‌های کلان ملی و طراحی راهبردهای هم‌افزایی بین سایر نهادهای حاکمیتی، زمینه‌سازی به منظور بهره‌گیری از توان نخبگان و دانشمندان برجسته کشور در دانشگاه‌ها، پژوهشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی و فعالان زیست‌بوم فناوری-نوآوری و شرکت‌های دانش بنیان از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. تاکنون در موسسه دانشمند طرح‌های کلان ملی در حوزه‌های امنیت غذایی شامل اصلاح و تکثیر بذرهای هیبرید، اصلاح ژنتیک دام، آب و پساب، انرژی‌های تجدیدپذیر، ترانزیت، حمل و نقل و صنعت فولاد، تعریف و فرآیند تحقیقاتی و اجرایی مرتبط با آن‌ها در دست اقدام است.
